Có hai phương pháp khử trùng dụng cụ y tế dùng trong phẫu thuật, đó là khử trùng ở nhiệt độ cao và khử trùng ở nhiệt độ thấp.
1. Phương pháp khử trùng ở nhiệt độ cao là sử dụng nhiệt độ cao để làm biến tính protein của vi sinh vật nhằm đạt được mục đích tiêu diệt vi khuẩn. Nó được sử dụng rộng rãi nhất trong lâm sàng và khử trùng bằng hơi nước áp suất thường được sử dụng, phù hợp với các dụng cụ và vật phẩm có thể chịu được độ ẩm và nhiệt độ cao. Ngoài ra còn có khử trùng bằng hơi nước nhanh, có thể được sử dụng cho các dụng cụ và vật dụng trần.
Thứ hai, khử trùng ở nhiệt độ thấp, thường sử dụng khử trùng bằng ethylene oxide. Ứng dụng lâm sàng nhất, ưu điểm là không làm hỏng vật dụng đã tiệt trùng, có khả năng xuyên thấu mạnh, có tác dụng tiêu diệt vi sinh vật tốt. Khử trùng hơi nước bằng formaldehyde ở nhiệt độ thấp có thể được sử dụng cho các thiết bị y tế không chịu được nhiệt độ cao.
